2025年5月31日から、国土地理院の「数値地図（国土基本情報）」の仕様が変更されました。一部注記データに文字グループ属性が付与されたことで注記文字の位置情報収録方法が変更となっています。
https://www.gsi.go.jp/common/000265055.pdf
PlugX-国土基本情報Reader2の現在の最新バージョン2.1.0において、シェープファイル形式(SHP)の数値地図は上記仕様変更後のデータも正しく注記文字の位置が反映されますが、GML形式の数値地図を読み込んだ場合、注記文字の位置が若干ずれる場合があります。現在、GML形式の読み込みにおいてもSHPと同様の位置に文字が読み込まれるよう対応作業中です。完了次第、製品ページにて公開いたしますので、しばらくお待ちください。